• Москва
    0° - -2°
  • Москва
    0° - -2°
  • Москва
    0° - -2°
USD ЦБ 108.01 EUR ЦБ 113.09

28.11.2024 06:51
Валентина Матвиенко рассказала юным футболистам клуба «Айка» о работе Совета Федерации 29 ноября детская команда мини-футбольного клуба «Айка» из Норильска начнет игры в рамках Всероссийского турнира по мини-футболу «Открытый кубок Казани». Перед турниром, по приглашению председателя Совета Федерации

28.11.2024 06:51
Валентина Матвиенко рассказала юным футболистам клуба «Айка» о работе Совета Федерации  29 ноября детская команда мини-футбольного клуба «
27.11.2024 09:10
Пособия по временной нетрудоспособности предлагают освободить от НДФЛ Соответствующий законопроект внесут в Госдуму пред
26.11.2024 10:55
Генеральный директор Енисейского речного пароходства Ольга Ксанф: Навигация 2024 года прошла планово и спокойно  На реках Сибири завершилась грузовая и пассажирска
erid:2VtzquvL47C
Erid: 2VtzqvyY2K4
06.11.2019 11:51

Новосибирские ученые знают, как повысить эффективность анализа геномных экспериментов

НИА-Федерация

Биоинформатики Новосибирского государственного университета, ФИЦ «Институт цитологии и генетики СО РАН» и университета им. Мартина Лютера (Германия) создали уникальный программный комплекс, который позволит повысить эффективность анализа дорогостоящих геномных экспериментов, сообщается на официальном портале НГУ.

Как объяснили исследователи, данный комплекс предназначен для поиска в ДНК совместно встречающихся мотивов — участков, на которые «садятся» белки, управляющие считыванием закодированной в молекуле ДНК информации. Расположенные рядом мотивы, как правило, функционируют вместе, поэтому выявление таких пар позволит ученым предсказывать взаимодействия белков уже на этапе анализа последовательности ДНК, а также исследовать роль этих взаимодействий в физиологических процессах.

Работа по созданию уникального программного комплекса заняла около двух лет, сообщает «НИА Новосибирск». 

Разработка позволяет получить гораздо более детальные сведения о регуляторной роли белка на основе эксперимента по массовому секвенированию его сайтов связывания. Если ранее для заданного белка, специфично регулирующего экспрессию генов, аналогичные подходы находили с высокой достоверностью его 3-5 партнеров-белков, то с помощью новой разработки учнееы находят 10-15.

Миллионы клеток организма синтезируют белки, которые непрерывно работают: переносят кислород, защищают от вторжения чужеродных агентов, сокращают и расслабляют мышечные волокна и выполняют массу других функций. Сведения о том, где и когда должны выполняться эти действия, зашифрованы в молекуле ДНК, причем информация записана при помощи всего четырех «букв» — нуклеотидов. Нуклеотиды объединяются в «слова» — гены, и каждый ген несет в себе сведения о белке, который может с него синтезироваться. Структуру и функцию клетки определяет уникальная комбинация белков, и какой ей быть «решают» регуляторные элементы ДНК. Их структурные единицы: короткие последовательности «букв»-нуклеотидов или мотивы — опознаются белками-регуляторами (транскрипционными факторами), что приводит к запуску или, наоборот, блокированию процесса считывания генетической информации.

Чтобы найти все мотивы определенного белка-регулятора в геноме, используется дорогостоящий эксперимент, который называется ChIP-seq. Важно, что белки-регуляторы никогда не работают в одиночку: активность и специфичность каждого модулируется многочисленными партнерскими белками-регуляторами, и результат работы мотива зачастую определяется именно этими взаимодействиями. Поиск же потенциальных партнеров, как правило, сопряжен с проведением дополнительных ChIP-seq экспериментов, что многократно повышает стоимость исследования. Именно эту проблему с успехом решает новый программный комплекс.

Новосибирские ученые получили патент на свою программу, она готова к практическому применению. В последние несколько лет появились и продолжают пополняться открытые базы, насчитывающие уже несколько десятков тысяч ChIP-seq экспериментов для разнообразных типов тканей, клеток и для разных белков-регуляторов. Алгоритм сибирских ученых может использоваться для поиска новых партнеров уже известных белков-регуляторов, ключевых для выполнения важных физиологических функций организма, например, иммунного ответа.

Работа выполнялась при поддержке Российского фонда фундаментальных исследований.



Важнейшие новости регионов за 28.11.2024

2024-11-28 18:00:00 / До конца года при пополнении транспортной карты «Час Пик» через СБП на счёт возвращается кешбэк 20%. Самое время принять участие в акции.
НИА-Карачаево-Черкесия
2024-11-28 17:31:56 / В Калининграде ограбили продуктовый магазин
НИА-Калиниград
2024-11-28 17:01:17 / Вениамин Кондратьев: за 6 лет по нацпроекту «Здравоохранение» в Краснодарском крае закупили почти тысячу автомобилей и около 6,5 тысячи единиц медоборудования
НИА-Кубань
2024-11-28 16:53:28 / 30 раз в кубанской столице провели краевые соревнования по плаванию
НИА-Кубань
2024-11-28 16:49:54 / Нижегородская область рассчитывает на укрепление связей с КНР в области высоких технологий
НИА-Китай
2024-11-28 16:40:56 / Кубанские каратисты – лучшие на чемпионате и первенстве мира
НИА-Кубань
2024-11-28 16:02:17 / Увеличение розничной сети, рост кредитного портфеля и внедрение биометрии
НИА-Крым
2024-11-28 15:55:26 / Петербуржские спортсмены среди лидеров Кубка России и Всероссийского турнира по савату
НИА-Санкт-Петербург
2024-11-28 14:35:42 / В Санкт-Петербурге подвели итоги дорожно-строительного сезона 2024 года
НИА-Санкт-Петербург
2024-11-28 14:28:14 / В Сочи работники Краснодарского филиала ФГУП «УВО Минтранса России» обсудили вопросы обеспечения безопасности транспортной инфраструктуры города-курорта
НИА-Кубань
2024-11-28 14:07:53 / В Калининградской области прокуратура контролирует ход строительства детсада
НИА-Калиниград
2024-11-28 14:07:43 / Проект новокузнецкого педагога номинирован на федеральную просветительскую награду «Знание.Премия»
НИА-Кузбасс
2024-11-28 14:07:31 / «Байкал Сервис» открыл филиал в Чеченской Республике
НИА-Федерация
2024-11-28 14:04:53 / В Петропавловской крепости пройдет фестиваль ледяных фигур «КроншЛед»
НИА-Санкт-Петербург
2024-11-28 14:01:47 / Парламентариям представили программу "Развитие физической культуры и спорта"
НИА-Железногорск
2024-11-28 14:00:06 / Учитель из Калининградской области стал победителем Международного конкурса краеведов, работающих с молодежью
НИА-Калиниград
2024-11-28 13:58:31 / С 2025 года в Петербурге поднимут максимальный размер платы за парковки
НИА-Санкт-Петербург
2024-11-28 13:53:12 / В Калининграде местный житель принял мужчину за закладчика и выстрелил в него
НИА-Калиниград
2024-11-28 13:50:02 / В Кронштадте проходит форум по развитию патриотического туризма
НИА-Санкт-Петербург
2024-11-28 13:44:38 / В Калининградской области состоится первое выездное заседание регионального правительства
НИА-Калиниград
Еще 298 новостей за 28.11.2024