• Москва
    -6° - -8°
USD ЦБ 64.02 EUR ЦБ 70.85

21.11.2019 07:38
В Госдуме предложили создать пункты обогрева для бездомных Депутат Госдумы Виталий Милонов выступил с предложением организовать пункты обогрева бездомных людей, чтобы они не погибли зимой.

21.11.2019 07:38
В Госдуме предложили создать пункты обогрева для бездомных Депутат Госдумы Виталий Милонов выступил
20.11.2019 07:00
Россия и Белоруссия согласовали не менее 20 дорожных карт по интеграции В ходе переговоров премьер-министра России Дмитрия
19.11.2019 07:06
Россия увеличит число пунктов гуманитарной помощи в Сирии Сотрудники российского Центра по примирению вражду
06.11.2019 11:51

Новосибирские ученые знают, как повысить эффективность анализа геномных экспериментов

НИА-Федерация

Биоинформатики Новосибирского государственного университета, ФИЦ «Институт цитологии и генетики СО РАН» и университета им. Мартина Лютера (Германия) создали уникальный программный комплекс, который позволит повысить эффективность анализа дорогостоящих геномных экспериментов, сообщается на официальном портале НГУ.

Как объяснили исследователи, данный комплекс предназначен для поиска в ДНК совместно встречающихся мотивов — участков, на которые «садятся» белки, управляющие считыванием закодированной в молекуле ДНК информации. Расположенные рядом мотивы, как правило, функционируют вместе, поэтому выявление таких пар позволит ученым предсказывать взаимодействия белков уже на этапе анализа последовательности ДНК, а также исследовать роль этих взаимодействий в физиологических процессах.

Работа по созданию уникального программного комплекса заняла около двух лет, сообщает «НИА Новосибирск». 

Разработка позволяет получить гораздо более детальные сведения о регуляторной роли белка на основе эксперимента по массовому секвенированию его сайтов связывания. Если ранее для заданного белка, специфично регулирующего экспрессию генов, аналогичные подходы находили с высокой достоверностью его 3-5 партнеров-белков, то с помощью новой разработки учнееы находят 10-15.

Миллионы клеток организма синтезируют белки, которые непрерывно работают: переносят кислород, защищают от вторжения чужеродных агентов, сокращают и расслабляют мышечные волокна и выполняют массу других функций. Сведения о том, где и когда должны выполняться эти действия, зашифрованы в молекуле ДНК, причем информация записана при помощи всего четырех «букв» — нуклеотидов. Нуклеотиды объединяются в «слова» — гены, и каждый ген несет в себе сведения о белке, который может с него синтезироваться. Структуру и функцию клетки определяет уникальная комбинация белков, и какой ей быть «решают» регуляторные элементы ДНК. Их структурные единицы: короткие последовательности «букв»-нуклеотидов или мотивы — опознаются белками-регуляторами (транскрипционными факторами), что приводит к запуску или, наоборот, блокированию процесса считывания генетической информации.

Чтобы найти все мотивы определенного белка-регулятора в геноме, используется дорогостоящий эксперимент, который называется ChIP-seq. Важно, что белки-регуляторы никогда не работают в одиночку: активность и специфичность каждого модулируется многочисленными партнерскими белками-регуляторами, и результат работы мотива зачастую определяется именно этими взаимодействиями. Поиск же потенциальных партнеров, как правило, сопряжен с проведением дополнительных ChIP-seq экспериментов, что многократно повышает стоимость исследования. Именно эту проблему с успехом решает новый программный комплекс.

Новосибирские ученые получили патент на свою программу, она готова к практическому применению. В последние несколько лет появились и продолжают пополняться открытые базы, насчитывающие уже несколько десятков тысяч ChIP-seq экспериментов для разнообразных типов тканей, клеток и для разных белков-регуляторов. Алгоритм сибирских ученых может использоваться для поиска новых партнеров уже известных белков-регуляторов, ключевых для выполнения важных физиологических функций организма, например, иммунного ответа.

Работа выполнялась при поддержке Российского фонда фундаментальных исследований.



Важнейшие новости регионов за 21.11.2019

21.11.2019 22:35 / Обсуждена возможная перспектива развития в Дагестане хлопководства
НИА-Дагестан
21.11.2019 22:35 / Обсуждена возможная перспектива развития в Дагестане хлопководства
НИА-Кавказ
21.11.2019 22:19 / Жители томского поселка пожаловались в СКР на медицинское обслуживание
НИА-Томск
21.11.2019 22:16 / Результаты ЕГЭ – 2019 в Северной Осетии демонстрируют положительную динамику
НИА-Алания
21.11.2019 22:16 / Результаты ЕГЭ – 2019 в Северной Осетии демонстрируют положительную динамику
НИА-Кавказ
21.11.2019 22:08 / Дома на 16 улицах Томска обесточат 22 ноября
НИА-Томск
21.11.2019 22:08 / Северо-осетинский госуниверситет выиграл мегагрант Минобрнауки РФ на создание лаборатории мирового уровня
НИА-Алания
21.11.2019 22:08 / Северо-осетинский госуниверситет выиграл мегагрант Минобрнауки РФ на создание лаборатории мирового уровня
НИА-Кавказ
21.11.2019 21:46 / Улицу в Томске закроют до 25 ноября для прокладки канализации
НИА-Томск
21.11.2019 21:28 / Группа ВТБ и Федеральный центр развития экспорта продукции агропромышленного комплекса РФ подписали соглашение о сотрудничестве
НИА-Ставрополье
21.11.2019 21:28 / Группа ВТБ и Федеральный центр развития экспорта продукции агропромышленного комплекса РФ подписали соглашение о сотрудничестве
НИА-Кавказ
21.11.2019 20:33 / В Ялте жители более 20 многоквартирных домов остаются без тепла
НИА-Крым
21.11.2019 20:24 / На центральной улице Симферополя завершаются ремонтные работы
НИА-Крым
21.11.2019 19:55 / Сергей Аксенов вновь стал одним из самых цитируемых губернаторов-блогеров
НИА-Крым
21.11.2019 19:46 / ГИБДД все выходные будет проверять симферопольских водителей
НИА-Крым
21.11.2019 19:39 / Штормовой ветер ожидается в Симферополе
НИА-Крым
21.11.2019 19:30 / В Симферополе зарегистрировали 5 тысячного малыша
НИА-Крым
21.11.2019 19:20 / Дмитрий Свиридов: Основными приоритетами бюджетной политики края остается исполнение майских указов президента и национальные проекты
НИА-Красноярск
21.11.2019 19:09 / Футбольный клуб КГТУ «Паруса Балтики» примет участие в международном студенческом турнире «Кубок Дона»
НИА-Калиниград
21.11.2019 18:38 / В Калининградском зоопарке демонтируют скульптуры львов
НИА-Калиниград
Еще 307 новостей за 21.11.2019